خاتمی در سال 1324 با پرویندخت خدیوی ازدواج کرد از وی یک دختر به نام صبریه داشت که از موارد مهم اختلاف خانوادگی او و فاطمه پهلوی همسر دوم خود بود.
ماجرای ازدواج فاطمه پهلوی با یک فرد غیرمسلمان در آن مقطع جنجال بسیاری را به پا کرد.